Саратовский филиал – старейшая лимнологическая станция Европы. Его история началась в 1900 г. с открытия Волжской биологической станции. За период существования учреждение неоднократно меняло ведомственную принадлежность и название. В первые полвека деятельности выделяют следующие этапа работы станции: 1900-1930 гг. - гидробиологические исследования; 1930-1937 гг. - ихтиологические и гидробиологические исследования по рыбному хозяйству Нижнего Поволжья (главным образом туводных рыб); 1937-1950-е гг. - изучение биологии проходных рыб (осетровых, сельдей, белорыбицы) Волго-Каспийского бассейна и разработка методики интенсивного рыборазведения осетровых и белорыбицы.
В стенах филиала в результате многолетних исследований при скрещивании белуги и стерляди профессором Н.И. Николюкиным был выведен уникальный высокопродуктивный гибрид - бестер, который теперь культивируется во многих рыбоводных хозяйствах мира.
    В 50-х годах прошлого века, когда учреждение перешло в подчинение ГосНИОРХ, со всей остротой поднялась проблема воспроизводства проходных рыб в условиях гидростроительства. В преддверии создания водохранилищ на Нижней Волге (Волгоградского и Саратовского) большое внимание уделялось разработке биологических обоснований их рыбохозяйственного использования, прогнозированию рыбопродуктивности и общих тенденций изменений экосистем искусственных водоемов.
Далее основной задачей филиала становится разработка мероприятий по рациональной рыбохозяйственной эксплуатации созданных водохранилищ. Возникает необходимость изучения влияния загрязнения на водоемы. Параллельно разрабатываются ПДК вредных веществ для рыбохозяйственных водоемов. С середины 1960-х годов в отделении стало развиваться промышленное рыболовство.
    Были разработаны и прошли производственную проверку оригинальные конструкции тралов. В этот же период продолжаются начатые ранее исследования по биологии и естественному воспроизводству осетровых рыб в водохранилищных условиях. В отделении была создана лаборатория рыбоводства и акклиматизации, в которой начали проводиться исследования по пастбищному рыбоводству. Разрабатываются рекомендации по использованию растительноядных рыб китайского комплекса для утилизации растительного планктона и повышения рыбопродуктивности водохранилищ, по рациональному использованию их мелководных участков.
    Под руководством Т.К. Небольсиной впервые для водохранилищ Нижней Волги формулируются принципы экосистемного подхода к организации и ведению рационального рыбного хозяйства. К концу 1970-х годов научные наработки, полученные на первых этапах существования водохранилищ, вылились в создание Опытно-производственной программы рыбохозяйственной эксплуатации Волгоградского водохранилища, выполнение которой на протяжении 1980-х годов позволило более чем в 2 раза увеличить вылов рыбы без ущерба запасам. Кроме того, опыт выполнения программы послужил основой для создания новых правил рыболовства и введения на практике нового режима промысла на ряде водохранилищ Волжского каскада.
В начале 1990-х годов в силу социально-экономических причин произошло резкое снижение вылова рыбы в водохранилищах. Аналогичные отрицательные тенденции наблюдались и в рыбоводстве. В результате ко второй половине 1990-х годов производство товарной рыбы снизилось в 5 раз от достигнутого ранее. В связи со сложившейся критической ситуацией, по инициативе и при непосредственном участии Саратовского отделения ГосНИОРХ была подготовлена и начала выполняться «Программа развития рыбной отрасли Саратовской области на 1999-2005 годы». В результате реализации этой программы за шесть лет текущего столетия вылов речной рыбы увеличился на 80%, объемы производства товарной рыбы более чем в 5 раз превысили доперестроечный уровень. В 2018 году Саратовское отделение ГосНИОРХ было реорганизовано в форме присоединения к ФГБНУ "ВНИРО"

В настоящее время Саратовский филиал - это мощный научно-воспроизводственный комплекс, обладающий двумя рыбоводными базами, научно-исследовательским флотом. В коллективе, насчитывающем более 80 человек, работают высококвалифицированные специалисты с большим научным и производственным стажем.